故事开始于一座孤岛之上，在这里，居住着一群动物们，其中，十分勇敢对于新鲜事物有着无尽好奇心的鹦鹉麦克（大卫·霍华德·桑顿 David Howard Thornton 配音）对小岛外面的世界十分的向往，可是其他的动物们却并不这么想，小岛是他们的安乐窝，小岛以外对于他们来说就是致命的危险地带。
一天，一艘遇难的商船冲向了小岛，为小岛带来了他们唯一的一位人类客人鲁滨逊（马提亚斯·施维赫夫 Matthias Schweighöfer 配音），鹦鹉最先跟鲁滨逊成为了朋友。起初，鲁滨逊因为和其他动物们无法沟通导致了双方产生了小小的误会，但很快，他们之间就产生了真挚的友谊。
本片是一部将伟大的摇滚乐队披头士的音乐和波普视觉艺术完美结合而成的二维插画风格的动画片，整部片子中共穿插了披头士的15首经典歌曲。影片讲述了披头士成员保罗·麦卡特尼在半梦半醒之间来到花椒国，这是一个讨厌音乐的地方，正遭遇蓝色恶魔的侵略，老船长弗莱德召集披头士成员一同乘坐黄色潜水艇共同保卫花椒国。 披头士音乐贯穿整个影片中：影片开头用George Martin（乔治·马丁，披头士音乐制作人）的弦乐描述祥和的花椒国，接着由Ringo Starr (林格·斯塔尔，披头士鼓手)演唱的“黄色潜水艇”(Yellow Submarine)则象征着花椒人民的朝气蓬勃。然而好景不长，坏蛋蓝心恶魔开始破坏花椒国的快乐与宁静，老船长征召披头士成员“一起来吧”(Come Together)，联手抗击蓝心恶魔，披头士成员装扮成花椒军士在“帕伯军士孤独之心俱乐部乐队”(Sgt Peppers Lonely Heart Club Band)的音乐中击溃了敌人，维护了他们的信念——“你需要的就是爱”（All You Need Is Love），拯救了花椒国。
