潘家浩（吴启华 饰）正准备和热恋中的女友伊娃（林漪娸 饰）携手步入婚姻的殿堂，哪知道就在这个节骨眼上，他远在新加坡的正牌女友钟子媚忽然要来香港找他，为了隐瞒自己移情别恋的事实，潘家浩委托自己的弟弟家伟（周星驰 饰）去机场接机。 　　哪知道钟子媚由于种种原因没来成，来的是她的妹妹子欣（唐丽球 饰），家伟并不认识钟子媚，于是将子欣误认为了钟子媚。对于这个误会，子欣并没有澄清，而是故意假扮姐姐和家伟接触。因为愧疚感，家伟带着子欣在香港到处游玩，对子欣处处忍让讨好，随着时间的推移，两人之间竟然碰撞出了感情的火花。

35岁的索菲娅暂时寄宿在哥哥卡里姆的家。鉴于他们之间的亲密关系，卡里姆非常乐意与妹妹分享自己的家。但当他有生以来第一次陷入爱情时，兄妹间牢不可破的纽带将受到考验。索菲娅感觉被哥哥抛弃，开始质疑自己的人...

1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。 　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。 　　寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……

哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....